Pour commencer a utiliser ProtoFlux, vous devez en premier matérialiser l'outil ProtoFlux depuis le dossier mentionné ci-dessus. Une fois équipé, le navigateur de nodes ProtoFlux peut être trouvé dans le menu contextuel. Pour sélectionner une node, double cliques sur celle-ci avec l'outil. Cela va faire apparaître le nom de la node au-dessus de l'outil. Double-cliquez pour matérialiser la node.